La cattedrale: l'abside ed il presbiterio
La parte terminale o absidale di Santa Maria, corrisponde in pieno a quanto rimane dell’originaria moschea. Dalle dodici arcate ogivali che immettevano dall’ambulacro circolare al locale interno, luogo di preghiera, solo cinque ne sono rimaste. Il corridoio venne interrotto con tramezzi per la trasformazione in cappelle gotiche, nel secolo XVI, come ampiamente si è già detto. Dopo la cappella della Madonna delle Nevi, la successiva, nuda e vuota per assenza di altare ha la volta di puro stile gotico, con mensole, nervature e chiave di volta in ottimo stato.
Segue quella centrale, chiamata cappella del campanile, in corrispondenza del portale gotico fiorito. Ancora meglio che nelle altre appare l’armoniosa semplicità della volta, dai conci ben levigati e disposti ad anelli concentrici. La raffinata eleganza, già sottolineata per l’esterno, qui si concentra nelle cordonature sottili, splendidamente modellate, che formano per questo locale in particolare un piccolo gioiello di arte gotica, definito dai critici d’arte volta nervata gotica ombrelliforme. Esposta al pubblico una bella campana di bronzo ed a destra la porta di accesso alla scala a chiocciola per la quale si accede al campanile. La quarta cappella viene chiamata dagli algheresi della falsa croce (Creu falsa) in quanto vi è custodito, durante l’anno, il robusto supporto di legno per la croce che verrà poi applicata e quindi esposta per la cerimonia del Venerdì Santo. L’ultima delle cappelle gotiche è dedicata a S. Andrea. L’altare è in pessime condizioni, com’è pure rovinata la grande tela che sovrasta l’altare, con la figura dell’Apostolo. Degni di nota sono i tre gradini dell’altare (per candelieri e vasi) di marmo intarsiato di buon disegno e colori. Dopo aver visto le cinque cappelle, l’occhio si può soffermare sugli alti pilastri che separano le cinque arcate ogivali. I cartigli di pietra, a forma di losanga, sono una nota particolare di questo tempio. Nessun’altra chiesa gotica li ha propri come elemento decorativo o funzionale.
Invece, nell’antica moschea algherese, i 114 cartigli contenevano di certo i titoli delle 114 Sure del Corano. In alto i bei capitelli sobri, dovevano avere scritto niente altro che il nome di Allah. Divenuta la moschea una chiesa, per la trasformazione dell’edificio islamico in tempio cristiano, i capitelli che coronavano le lesene o pilastri di cui si è detto, vennero segati per quasi la metà. Nel vano così ricavato furono inseriti o incastrati dei mezzi capitelli con le allegorie dei quattro Evangelisti, a due a due: il toro, il leone, l’aquila, e l’Angelo. Ma gli scudetti, ben visibili, non portano più la leggenda che avrebbero dovuto avere in origine. Il catino absidale che ha sostituito per quasi la metà la copertura della vecchia moschea, non è elegante, al contrario. Occorre però considerare che si è trattato di un adattamento forzato; era necessario coprire e raccordare nel modo migliore, le cinque cappelle ricavate con la modificazione interna del corridoio circolare di cui si è già parlato. Per fortuna si è salvata una sola delle dodici arcate sovrastanti quelle inferiori e che servivano da sostegno alla copertura piana o a cupola. Nè questo arco poteva essere demolito essendo parte strutturale del minareto campanile. Nel mezzo di questa ogiva si vede ancora la finestrella lucifera. Il lampadario d’argento, che pende dinanzi all’altare maggiore, è di fattura moresca e con molta probabilità è lo stesso che esisteva nella moschea all’inizio del X secolo.
La consacrazione alla Madre di Dio dell’edificio non ne permise la spoliazione e venne lasciato sul posto in perpetuo. Ed è singolare che venga a cadere, ancora oggi, esattamente al centro del vecchio tempio arabo.
Il presbiterio completa e chiude la navata centrale, e si colloca al centro del transetto. I quattro grandi arconi, posti a sostegno della cupola, poggiano su quattro altissimi pilastri quadrati con smussature.Questi archi sono congiunti da quattro pennacchi sui quali vi è un alto cornicione delle semplici modanature. Più sopra il tamburo, formato da otto pareti con altrettante larghe finestre, le quali danno molta luce al tempio. La cupola che si eleva sopra il tamburo è formata da otto parti o spicchi di notevole slancio che si riuniscono al centro per l'apertura del lanternino. I pennacchi, come il tamburo e la cupola sono privi di pitture e tinteggiate in chiaro; ciò contribuisce a rendere luminosa la chiesa, oltre che per le otto ampie finestre già indicate. Il presbiterio nobile e solenne, si trova in gran parte coperto dalla cupola.E' sopraelevato rispetto al piano della chiesa di sei gradini. Lo compongono: tre scalee, una centrale e due laterali, la balaustrata, l'altare maggiore ed una mensola in marmo: il pulpito completa poi l'insieme. La scalea centrale è abbellita da due leoni accucciati su aquile abbattute e la balaustrata si presenta con bellissimo effetto per le colonnine a forma d'anfora e per la policromia dei marmi, con predominio del rosso. Si estende su tre lati a forma di "U" con l'interruzione del varco centrale in corrispondenza della scalea. La monotonia è evitata da grosse sfere di marmo, con supporto che abbelliscono il piano della balaustrata.
L'altare maggiore è monumentale. Nella parte pìù alta si vede la SS. Verginecon due angeli ai lati in atteggiamento di adorazione ed una schiera di testoline e putti, Maria è assisa su un crescente a mezzaluna e schiaccia col piede la testa di un drago.
La mensa dell’altare è anch’essa di marmi policromi, lo stile dell’intero complesso è rococò, proprio del secolo XVIII non pesante ma aggraziato per la buona scelta dei marmi e per le linee nobili e solenni, equilibrato e di ottima esecuzione.
Al lato destro dell’altare vi è una bella mensola del medesimo stile, per deporvi arredi sacri durante le cerimonie solenni, Questa credenza è abbellita dalla statua di San Pietro.
Completa le bellezze solenne dell’insieme il pulpito, collocato a destra e addossato all’ultimo pilastro della navata centrale.
Al centro, un ampio bassorilievo mostra la scena del Battista Precursore che prepara le vie del Signore, l’immagine, ben modellata come le altre che animano la scena, resa con singolare eleganza e realismo, risponde all’iconografia tradizionale.
Il Battista si appoggia al bastone; il maestro che ha scolpito il quadro ha voluto dare l’idea sulla varietà del pubblico modellando un uomo a cavallo, una donna con bambino, un viandante ed altri.
Al di fuori del quadro agli spigoli i quattro simboli degli Evangelisti.
La bellezza delle linee è accresciuta dalla grazia con cui si svolge la scala di accesso e dallo stelo che sorregge il tutto. Completa una copertura di protezione con al centro colomba e raggi, simbolo dello Spirito Santo.
L’esecutore di tutta l’opera fin qui descritta fu il genovese Giuseppe Mazzetti, il quale si era obbligato per contratto, a finire l’opera entro il 26 Aprile del 1727, compreso il fonte battesimale e le due belle acquasantiere marmoree, policromate, ma è certo che il lavoro molto impegnativo, venne completato nel 1729.
Sotto il pavimento del presbiterio c’è una vasta cripta, ben conservata ma non accessibile, con le salme dei vescovi algheresi deceduti in sede.

La nuova struttura di Santa Maria
Il lato sinistro
L'abside ed il presbiterio
Il lato destro
La sacrestia
Gli arredi sacri e liturgici
Croce professionale astile